In einer kleinen Ausstellung werden im Rathaus archäologische Funde präsentiert. Sie belegen die Besiedelung der Gegend um Feldkirchen seit der Jungsteinzeit. Die Fruchtbarkeit des Bodens und das günstige Klima waren der Grund dafür, dass Menschen hier sesshaft wurden und dass unser Bereich zu den am frühesten besiedelten Räumen in Niederbayern zählt.
Die heutigen Ortsteile Gundhöring, Hirschkofen, Opperkofen und Weiling waren bereits vorhanden, als Feldkirchen entstand. Die erste urkundliche Nennung des Ortes findet man im Jahr 900. Um diese Zeit besaß das Regensburger Domkloster St. Emmeram Güter in Feldkirchen. Zu Beginn des 30-jährigen Krieges fiel ein großer Teil der Ortschaft einem Brand zum Opfer. Damals sollen von den 800 Einwohnern der Pfarrei bis auf 7 alle von der Pest hinweggerafft worden sein.
In neuerer Zeit ist der Bau der Kaserne, des sogenannten Fliegerhorstes, in Mitterharthausen zu erwähnen, in den 1938 die Luftwaffe Einzug hielt. Von Zerstörung blieb die heutige Gäubodenkaserne im Zweiten Weltkrieg verschont, um nach Kriegsende von den amerikanischen Streitkräften belegt zu werden. Seit 1965 ist Feldkirchen Standortgemeinde der Bundeswehr.
Die Gemeindegebietsreform brachte in den siebziger Jahren des letzten Jahrhunderts die Zusammenlegung der Gemeinden Feldkirchen und Mitterharthausen und seit 1980 die Selbstständigkeit als Einheitsgemeinde.
Die Landwirtschaft ist noch immer von großer Bedeutung. Von 1980 bis 2000 wurde eine Flurbereinigung mit anschließender Dorferneuerung durchgeführt.
Als Wohngemeinde sehr geschätzt, ist Feldkirchen als einer der wenigen Landkreisgemeinden künftiges Bevölkerungswachstum prognostiziert.
